Akademikët shqiptarë pohojnë se që nga fillimi i punës për Enciklopedinë janë distancuar nga përmbajtja e saj. Kështu ka deklaruar për një rrjet televiziv vendor, akademiku Alajdin Abazi. Përgjegjësinë për përmbajtjen e dyshimtë të historisë shqiptare në këtë enciklopedi nuk e merr as Shukri Rahimi i cili figuron si redaktor i enciklopedisë në pjesën e historisë shqiptare. "Projekti tregohet që është projekt pak a shumë politik që është ndikuar prej politikës ditore dhe nuk ka të bëj me realitetin shkencorë dhe që mund të ndikoj në keqësimin e marrëdhënieve të popujve, të njerëzve, të intelektualëve të përkatësive të ndryshme dhe në përgjithësi është një bote apo jo që merret me këto çështje siç janë ato që mirën me historinë, kulturën dhe gjuhën", deklaroi Alajdin Abazi, anëtar i akademisë. Shukri Raimi thotë se ka qenë i propozuar nga Akademia e arteve dhe shkencave të Maqedonisë për redaktor të enciklopedisë, por një gjë të tillë nuk e ka pranuar, gjë të cilën e përgënjeshtron akademiku Bllazhe Ristovski. "Unë duke e ditur se me kë duhet me bashkëpunuar nuk kam pranuar të bëhem redaktor për çështje historike të historisë shqiptare, pse plotë shkencëtarë maqedonas nuk pranojnë atë që ne e dimë, a ne nuk e pranojmë atë që ata e propozojnë. Kam qenë i propozuar ndaj qëndron aty, atë është dashtë ata me hjekë se nuk kam punuar. Le ta gjejnë ata një mbledhje pos asaj mbledhjes dytë kur kam hjek dorë që kam qenë prezent aty, unë në asnjë mbledhje më skam shkuar atje. Ata e kanë bërë vet, asnjë shqiptarë nuk ka qenë aty me marr pjesë për historinë shqiptare, ajo është vepër e akademikëve maqedonas", tha Shukri Raimi historian. "Më vjen keq, e kam mik Raimin, por ai për fat të keq ai ka dezinformuar se si e para unë asnjëherë nuk kam pasur dorëheqjen e tij dhe e dyta ai gjithmonë bashkëpunonte dhe bashkë kemi shkruar histori për shkollat e mesme një ndër autorët ishte edhe ai. Tjetra ai ka shikuar pjesë më të madhe të materialeve që kishin të bëjnë për disa shqiptarë dhe probleme shqiptare, nuk është e vërtetë ajo, ndoshta njeriu është frikësuar nga pyetjet e juaja, por ai tërë kohën ka marrë edhe honorar çdo muaj për pjesamrrejne tij në enciklopedinë", tha Bllazhe Ristovski anëtar i ASHAM. Redaktori tjetër shqiptar i kësaj enciklopedie Agim Poloska i angazhuar për pjesën e gjuhës, letërsisë dhe kulturës shqiptare thotë se ajo nuk është e përkryer dhe se ka hapësirë për ndërhyrje në pjesë të caktuara. "Ndoshta nuk jam edhe unë i kënaqur edhepse jam redaktor, mundet edhe më shumë, mundet edhe më mirë të jetë, këtu të jemi të realtë pa paragjykime, kjo është një nismë një fillim dhe vet te maqedonasit po të njejtat probleme ballafaqohen, po diçka është bërë diçka është hedhur në letër dhe kjo besoj në botimet e ardhshme, në punën e ardhshme do të kompletohet do të përsoset", tha Poloska.