Qeveria e Kosovës thotë se do të bashkëpunojë me EULEX-in por s'mund të lejojë që ky të marrrë vendime për Kosovën. Misionin tjetër ndërkombëtar, UNMIK-un, qeveria kosovare e cilëson si një mision të tejkaluar.
Protokolli i misionit EULEX për bashkëpunim me policinë e Serbisë dhe vendimi i përkohshëm i misionit të UNMIK-ut, që mos të lejojë shqiptarët të rindërtojnë shtëpitë e tyre në veri të Mitrovicës janë ngjarje që shënuan edhe fërkimet e para dhe më të thella ndërmjet institucioneve të Kosovës dhe misioneve ndërkombëtare që nga shpallja e pavarësisë. Të dyja vendimet e misioneve ndërkombëtare u hodhen poshtë nga qeveria e Kosovës. Analistët politikë thonë se këto ngjarje që u manifestuan edhe me dhunë nga reagimet e qytetarëve kanë shënuar edhe një ftohje marrëdhëniesh ndërmjet qeverisë dhe dy misioneve ndërkombëtare që veprojnë në bazë të rezolutës 1244 të KS-it.
Kryeministri i Kosovës, Hashim Thaçi, thotë se qeveria e tij do të bashkëpunojë me misionin evropian EULEX, mirëpo, për Kosovën sipas tij vendosin institucionet e saj dhe jo ndonjë mision ndërkombëtar: "Tashmë Kosova është shtet dhe përgjegjësitë shtetërore nuk i bart tek asnjë mekanizëm tjetër dhe asnjë mekanizëm tjetër nuk ka të drejtë të flasë, të diskutojë e të vendosë për Kosovën pa Kosovën."
Kundërshtimi i qartë i Prishtinës zyrtare për protokollin e bashkëpunimit të misionit EULEX me policinë e Serbisë, e ka vënë në një pozitë të vështirë misionin evropian. Zyrtarë të këtij misioni thonë se EULEX, në bazë të rezolutës 1244 ka mandat që të nënshkruajë vetë marrëveshje bashkëpunimi me vendet e rajonit, natyrisht në konsultime me qeverinë e Kosovës. Zëdhënësja e misionit EULEX, Karin Limdal, thotë se pas kundërshtimit të Prishtinës zyrtare për protokollin e bashkëpunimit me Serbinë, ky mision pret udhëzime nga Bruskeli: "Misioni EULEX beson te kompromisi dhe prandaj ne po mundohemi të gjejmë pikat e përbashkëta. Për punën e EULEX-it është shumë e rëndësishme që të gjejmë zgjidhje, pasi të kemi bërë marrëveshje teknike për shkëmbim informacionesh jo vetëm me Beogradin, por edhe me vendet tjera të rajonit. Siç e dini, ne kemi bërë më herët marrëveshje edhe me kryeqytete të tjera në rajon."
Analistët politikë thonë se fërkime të tilla ndërmjet qeverisë dhe misioneve ndërkombëtare në Kosovë do të ketë edhe në të ardhmen, sepse këtu bëhet fjalë për vendime të një shteti që pretendon të jetë sovran, mirëpo që ka brenda misione që e mbikqyrin këtë sovranitet. Driton Lajqi, analist i pavarur, thotë për DW-në: "Këto fërkime priteshin, sepse pavarësia e Kosovës është e mbikqyrur nga misioni EULEX. Kjo mbikqyrje e pavarësisë nga EULEX dhe nga disa elementë të misioneve ndërkombëtare në Kosovë, gradualisht është meduar që të elimionohet dhe të dorëzohen madatet dhe dorëzimi i mandateve tek institucionet e Kosovës quhet sovranitet. Pra fërkime do të ketë edhe në të ardhmen përderisa Kosova të mos jetë plotësisht e pavarur". Sidoqoftë megjithë fërkimet ndërmjet misionit EULEX dhe qeverisë së Kosovës, të dyja palët janë shprehur se bashkëpunimi ndërmjet tyre do të vazhdojë.
Më i ashpër ka qenë reagimi i qeverisë për misionin e UNMIK-ut, i cili akoma është funksional të veri të Mitrovicës e banuar më shumicë serbe. Qeveria thotë se UNMIK-u nuk mund të marrë vendime që të lejojë apo mos të lejojë rindërtimin e shtëpive shqiptare në veri të Mitrovicës, sepse sipas qeverisë ky mision tashmë është i tejkaluar. Mirëpo zyrtarë të UNMIK-ut thonë se misioni i tyre megjithëse i zvogëluar në numër akoma është funksional përderisa të jetë në fuqi rezoluta 1244 e KS-it. DW